Permaneció en Buenos Aires hasta 1809, año en el que regresó a España. Allí fue sometido a un consejo de guerra en Cádiz, en el que el mismo Liniers atestiguó en su favor. El juicio fue suspendido al estallar la guerra de independencia española pero volvió a sustanciarse más tarde. En 1813 lo absolvió el tribunal presidido por el capitán general de la provincia, Cayetano Valdez.
Recibió el pago de sus sueldos atrasados, fue ascendido a mariscal de campo y nombrado consejero de Indias.7 Más tarde cubrió puestos burocráticos en varios destinos del sur de la Península.
En España, y luego del fallecimiento de su primera esposa, se desposó en segundas nupcias, a los 75 años, con María Teresa Millán y Marlos, viuda de un sobrino de Baltasar Hidalgo de Cisneros, el último virrey del Río de la Plata. A este matrimonio tardío se opusieron sus familiares debido, entre otras cosas, a que se trataba de una mujer pobre y de unos 40 años de edad.
Sobremonte murió en enero de 1827, en Cádiz, empobrecido y sin haber podido recuperar el prestigio perdido.
