Entre 1802 y 1804 asumió el cargo de Gobernador Político y Militar de Misiones y, a continuación, retornó a Buenos Aires para asumir el puesto de Jefe de la estación naval. Ante la invasión de la armada inglesa de 1806, el virrey Sobremonte le encomendó la defensa del puerto de Ensenada. Tras la ocupación de Buenos Aires por los ingleses, Sobremonte huyó, y Liniers entró en contacto con Martín Alzaga con el fin de liderar un alzamiento. Con tal propósito, se dirigió a Montevideo y obtuvo el apoyo militar del gobernador Ruiz Huidobro.
Con sus fuerzas reconquistó Buenos Aires el 12 de agosto de 1806 haciendo capitular al gobernador inglés William Carr Beresford. Dos días después, en un Cabildo abierto, se decidió entregar el poder militar a Liniers, quien, ante la certidumbre de un nuevo ataque inglés, trató de reorganizar la defensa.
Liniers, que recibió el título de Conde de Buenos Aires en reconocimiento a sus méritos, se retiró a Córdoba, y allí le sorprendió la revolución de mayo de 1810. De inmediato procedió a organizar junto con otras autoridades españolas un ejército realista para enfrentar a los patriotas. Sin embargo, a pesar de su lealtad a España, el gobierno de Buenos Aires despachó contra Liniers y sus hombres una expedición militar y el 26 de agosto de 1810 fue capturado y ejecutado por el coronel Antonio González Balcarce.
Bibliografía: http://www.biografiasyvidas.com/biografia/l/liniers.htm
