El 14 de julio, Sobremonte declaró a Córdoba capital provisoria del virreinato. Asimismo, instó a que se desobedecieran todas las órdenes provenientes de Buenos Aires mientras durara la ocupación. Reunió de inmediato a todas las tropas disponibles de esa provincia (que incluía a Cuyo) y de Salta (que incluía Tucumán y Santiago del Estero). A las pocas semanas ya avanzaba al frente de un ejército de 3.000 hombres de regreso hacia Buenos Aires.
Inmediatamente después de la Reconquista, Álzaga reunió un cabildo abierto, en el cual, bajo presión de la muchedumbre enardecida, se decidió que Sobremonte no debía reasumir el mando en la capital: Liniers fue nombrado comandante de la plaza, y el mando político urgente fue ejercido por el regente de la Real Audiencia. La medida era revolucionaria, ya que impedía ejercer su mando a un representante de un rey absoluto.
Sobremonte se retiró a Montevideo con parte de sus tropas, a tratar de impedir la segunda invasión, sobre la que no cabían dudas que ocurriría: la flota inglesa de Popham nunca se había retirado del Río de la Plata. Pero la población de Montevideo, influida por la actitud de la de Buenos Aires, rechazó su mando.
Cuando se produjo el esperado ataque inglés, envió las tropas de que disponía a rechazarlos, pero sus tropas desertaron. En medio de un conflicto con el gobernador Pascual Ruiz Huidobro, el virrey abandonó la ciudad y se dedicó a reunir tropas para intentar defenderla. Pero, en su ausencia, los invasores tomaron Montevideo. En respuesta, un cabildo abierto reunido en Buenos Aires, organizado y dirigido por el alcalde Álzaga, lo declaró depuesto; fue arrestado y conducido a San Fernando. En un régimen absolutista, era una verdadera revolución.
Fue reemplazado por Liniers. La ciudad se salvó gracias a la decisión de los porteños, que se defendieron valientemente bajo la dirección de Álzaga. La victoria justificó a posterior la deposición que se había hecho del virrey, y la historia condenó la actuación de Sobremonte.
